「最近使用したファイル」の一覧を削除することはできません。
また、「最近使用したファイル」を無効にすることもできません。
ご希望の操作とはなりませんが、回避方法については以下をご確認ください。
■回避方法
①「最近使用したファイル」の一覧にあるPDFファイルを別の場所に移動させます。
②「最近使用したファイル」から、ファイルのオープンを試みます。
③オープンに失敗します。(①で移動させているため)
エラー:「指定されたファイルが見つかりません」
③「最近使用したファイル」の一覧から削除されていることを確認します。